Systemisch betekent dat er, naast artritis, meerdere organen in het lichaam bij betrokken zijn.
Het belangrijkste symptoom bij patiënten met een systemische vorm van JIA is het voorkomen van hoge koortspieken, vaak gecombineerd met een zalmkleurige huiduitslag. Andere symptomen kunnen zijn: spierpijn, vergroting van de lever, de milt of de lymfeklieren en ontsteking van de vliezen rond het hart (pericarditis) en de longen (pleuritis). De artritis, meestal poly-articulair ( 5 of meer aangedane gewrichten), kan bij het begin van de ziekte aanwezig zijn of pas later ontstaan. Deze ziekte komt bij kinderen van alle leeftijden voor. De ziekte kan jongens en meisjes van alle leeftijden treffen, maar komt relatief vaker voor bij peuters en kleuters.
Bij ongeveer de helft van de patiënten zijn de systemische klachten het belangrijkst; zij hebben de beste langetermijnprognose. Bij de andere helft van de patiënten is de koorts vaak van voorbijgaande aard, terwijl de artritis heviger en soms moeilijk te behandelen wordt. Bij een minderheid van deze patiënten blijven de systemische klachten naast toenemende gewrichtsklachten bestaan. Systemische JIA beslaat minder dan 10% van alle gevallen van JIA; het komt voor tijdens de kinderjaren en wordt zelden gezien bij volwassenen.
